隋朝备战
隋文帝加紧灭陈准备。继续推行均田制和租调力役制，在中央建立三省六部制，在地方推行州、县制，改革府兵制等措施，以利于发展社会经济，加强中央集权，提高军队战斗力。又经过几年励精图治，国力、军力显著增强。开皇五年十月，文帝以清河公杨素为倌州总管，经略长江上游。同时在三年内，动员数十万人修缮朔方（治岩绿，今内蒙古乌审旗南白城子）、灵武（治回乐，今宁夏灵武西南）一带长城，并于朔方以东缘边险要，筑城数十，以加强北部边防，保障南进时后方无忧。
隋文帝经过数年准备后，终於营造出南灭陈国的契机。公元587年（开皇七年），废西梁后主萧琮，占领江陵，西梁亡。同年十一月，隋文帝与宰臣谋议伐陈之策。尚书左仆射高颎提出：“在江南收获季节，以少数兵力，声言进袭，迫陈集兵守御，以误其农时；彼既聚兵，我便解甲，如此多次，使陈军习以为常，麻痹懈怠，然后举兵渡江，登陆攻击，派人潜入陈境，反复纵火，焚其储备物资，使其财力俱尽。”
虢州刺史崔仲方提出：“在武昌（今湖北鄂州）以东沿江各要地部署精兵，秘密准备渡江，在益（治今成都）、信（治今四川奉节东）、襄（治今湖北襄樊）、荆（治今湖北江陵）等地速造战船，准备水战；陈如以精兵赴援上游，下游诸将即可乘虚渡江，如陈拥兵自卫，上游诸军则可顺江东下，直取建康（今南京）。”
杨素、贺若弼等也争献平陈之策。隋文帝均予以采纳。攻陈前，隋令介州刺史李衍在襄州道、杨素于巴东郡（治今四川奉节东）建造“五牙”（装有拍竿的大型战舰）、“黄龙”等战船，加强水师。故意在江中漂下造船废料，以威慑陈人。贺若弼卖掉老马，大量购买陈船，藏匿起来，又买破旧船只五六十艘，泊于小河，使陈军以为隋军没有战船。多次将换防士兵集于广陵，大张旗帜，营幕遍野，还使士卒沿江射猎，人马喧噪，以迷惑陈军，使之不加戒备。
公元588年（开皇八年）三月，隋文帝下诏，列举陈后主罪行又送玺书暴其罪恶二十条，并将诏书在江南散发三十万份，以争取人心。
这八路分为中上游与下游两部，行军元帅杨俊统帅中上游三路，他率水陆军由襄阳进屯汉口，以阻挡中游陈军支援下游南朝陈首都建康。行军元帅杨素率舟师出永安（今四川奉节）东下，在荆州刺史刘仁恩出江陵与杨素会和，最后抵达汉口与杨俊军会和。杨素与刘仁恩军负责驱赶长江中游一带的陈军到汉口围歼。
行军元帅杨广统帅下游五路，他率领韩擒虎、贺若弼专攻建康，命王世积与燕荣为左右翼协攻江西、三吴。杨广率军出六合，庐州总管韩擒虎出庐江（今安徽合肥），吴州总管贺若弼出广陵（今江苏扬州），这三路集中围攻建康。蕲州刺史王世积率舟师出蕲春（今湖北蕲春北）攻九江掩护杨广主力军。青州总管燕荣率舟师出东海（今江苏连云港）沿海迂回南下入太湖，以奇袭吴县（今江苏苏州），深入三吴以支援杨广主力军。隋廷在进军之前，扣留陈使，断绝往来，以保守军事机密。并且派出大批间谍潜入陈境，进行破坏、扰乱活动。
隋军南征
陈后主荒淫骄侈，政治腐败，既不懂军事，又不纳部将建议，自恃“长江天堑”，疏于防务。为了元会（即春节）之庆，竟命镇守缘江重镇江州（治今江西九江）、南徐州（治今江苏镇江）的两个儿子率战船回建康，致使江防更为薄弱。十二月，长江上游隋军首先发起进攻。
公元588年（开皇八年）十二月，杨俊督水陆军十余万出襄阳（今属湖北），进屯汉口（今湖北汉水入长江之口）。陈命散骑常侍周罗喉都督巴峡缘江军事，与郢州刺史荀法尚部数万，据守江夏，同杨俊军相峙月余。
同月，隋行军总管周法尚率舟师三万，进至樊口（今湖北鄂州西），击破抗拒的陈军。杨素率水军出巴东，沿三峡东进，荆州刺史刘仁恩部由江陵西上，两军配合，水陆兼用，袭占狼尾滩（今湖北宜昌西北），击败陈守将戚昕；陈南康内史吕忠肃死守歧亭（今湖北宜昌西北西陵峡口），以三条铁锁横江阻断隋军东出三峡。杨素、刘仁恩率水陆联军强攻，直到公元589年（开皇九年）正月击破陈军，占领西陵峡口。
陈荆州刺史陈慧纪屯公安（今湖北公安西北），见大势已去，便率军三万、楼船千余艘，顺江东走，企图入援建康，却与周罗睺被杨俊军阻于汉口以西，陈军最后无法救援建康。杨素继以主力沿江东下，与杨俊军会师汉口，另派一部南下湘州（治今湖南长沙），击擒陈岳阳王陈叔慎，至此长江中游已非陈国所有。
飞渡长江
当隋军陆续占领长江上游的消息传到建康时，均被朝廷掌管机密的施文庆、沈客卿扣压，使得建康城毫无防备。隋军进至长江北岸时，施文庆又以元会（春节）将至，拒绝出兵加强京口（今江苏镇江）、采石（今安徽马鞍山市西南），等地军备。
公元589年（开皇九年）正月初一，长江下游隋军乘陈欢度元会之际，分路渡江。贺若弼军出广陵南渡，韩擒虎军出庐江由横江口（今安徽和县东南）夜渡，袭占采石（今安徽马鞍山市西南），晋王杨广军出六合（今属江苏）进屯桃叶山（今六合东南）。初四，陈叔宝察觉事态不利，下诏亲帅陈军拒敌。命骠骑将军萧摩诃、护军将军樊毅、中领军鲁广达并为都督；又派南豫州刺史樊猛率水军坚守白下（今南京城北金川门外），抵御六合方面隋军；以散骑常侍皋文奏率部镇守南豫州（治姑熟，今安徽当涂）。隋军突破长江防线后积极推进，初六，贺若弼军攻占京口（今江苏镇江），俘南徐州刺史黄恪。所俘六千余人，均优待释放。随后贺若弼以一部进屯曲阿（今江苏丹阳），以防三吴（今江苏太湖以东、以南和浙江绍兴等）陈军增援，自率主力西进；韩擒虎军于初七攻占姑熟，沿江东进，皋文奏军败退建康。
隋军渡长江后积极推进，贺若弼於京口派一部隋军於曲阿 （今江苏丹阳）阻挡三吴地区（今江苏太湖以东、以南和浙江绍兴等）的陈军北援，主力持续向建康前进；韩擒虎击败陈军，占领姑孰（今安徽当涂）后，沿江直下，皋文奏败退建康。正月初七日，贺若弼进屯钟山（今南京紫金山）以南的白土岗；韩擒虎和由南陵（今安徽铜陵附近）渡江的杜彦军在新林（今南京西南）会合；宇文述军於白下击败陈军后，进占石头城（在今南京城西清凉山）。隋军占领建康外围城市，完整包围南朝陈的首都。为配合隋军主力进攻，王世积军也成功由蕲春攻占蕲口（今蕲春西南），大败陈将纪填，逼近江西鄱阳湖。燕荣水师也由山东沿海南下，占领三吴地区。
攻破建康
建康地势虎踞龙盤，向称险要，在建康附近的陈军仍然有十万。然而陈后主不采纳部将建议，乘隋军包围之际切割敌军。他放弃钟山、石头等险地，将主力固守建康城内外，白白的让隋军包围建康城。贺若弼至京口时，萧摩诃请求出战，陈后主不准。而后萧摩诃得知陈后主竟和他的妻子私通，就也拥兵不前，唯独让鲁广达、田瑞奋勇作战。15日，陈镇东大将军任忠率军自吴兴（今浙江湖州南）入援建康，陈后主也只让他驻守朱雀门（建康城南门宣阳门南2.5里）。
589年1月20日，陈后主在「兵久不决，令人腹烦」的情况下，对贺若弼军发动白土冈之战。他仓促的派鲁广达、任忠、樊毅、孔范与萧摩诃率军出战，於白土冈南北列长蛇阵20里，首尾进退互不相知。贺若弼军初战不利，然后集中攻破薄弱的孔范军。陈军全线溃退，贺若弼从北掖门攻入台城（建康宫城）。韩擒虎军占领秦淮河南岸石子冈（今江苏南京雨花台）后，陈将任忠请降，开北岸朱雀门迎韩擒虎入城。当时陈后主身边大臣只有尚书左仆射袁宪一人。袁宪建议如同梁武帝见侯景故事，庄严的向隋军投降。但是陈后主畏惧而不从，与爱妃张丽华、孔贵人躲到井里面。最后被韩擒虎俘虏，陈灭亡。当夜，贺若弼军也从北掖门入城。
降伏岭南
建康被隋军攻下后，南朝陈尚领有长江中游、三吴与岭南地区。589年1月22日，杨广进入建康，命令陈后主发令招降各地陈军投降。坚守江夏的周罗睺、陈慧纪与守备长江中游诸城的守将陆续投降，三吴地区的吴州（今江苏吴县）、会稽（今浙江绍兴市）二城坚守拒降，岭南守将徐璒阻挡隋使韦洸於南康前，不愿意归附隋朝。于是杨广率军南下三吴、岭南等地，各地陈军或受陈后主号令投降、或抵抗隋军而被消灭。
岭南地区早在南朝梁侯景之乱时，就受冼夫人控制。冼夫人率兵击破梁高州刺史李迁仕后掌控岭南，并与都督陈霸先合作。陈霸先后来创建陈朝，即南朝陈。冼夫人平定多次叛乱，保境安民，被当地俚汉人尊为“圣母”。杨广得知此事后，命令陈后主致书冼夫人，使其归隋。为了证明是真的，还将冼夫人曾经献给陈帝的扶南犀杖及陈后主的兵符给她确认。冼夫人见到信及物件后，确定陈朝已亡，便派孙子冯魂迎隋使韦洸到岭南。各地至此才闻风归附，从此全部归隋朝管辖。
至此，隋文帝完成了大一统，成功结束纷乱近400年的魏晋南北朝时期。
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