冯官屯之战是太平军自金田起义以来遭遇的最大败绩，太平军北伐2万人马全军覆没。这2万人马远离天京艰苦战斗两年之久，是太平天国运动史上最为悲壮的一笔。冯官屯之战的失利对整个太平天国革命战影响甚大。
1854年5月5日，太平军北伐军由阜城突围东走，占领东光县的连镇。连镇横跨运河，分东西两镇，分别由林凤祥、李开芳率部据守。当天，僧格林沁即率马队追来，不久步队也赶到，又将北伐军紧紧包围。北伐军为了“另择一处”牵制清军，便商定由李开芳率领经过挑选的健卒六百余人骑马突围南下。5月28日，李开芳率队自东连镇突围成功，过吴桥，入山东境，29日袭占高唐。胜保在歼灭北伐援军后，于5月19日返抵连镇外围，得知北伐军突围南下，立即率马队跟踪追击。
此时，留守连镇的太平军仅有六七千人，而僧格林沁则拥军二三万人。清军在连镇四周挖掘深壕，构筑土城，壕深宽各二丈余，土城高一丈五六尺，厚八九尺，上安抬枪、火炮，每隔一丈支帐篷一座，设兵十名，严密围堵，企图将太平军困死。可是围攻数月，清军不但未能取胜，反而损兵折将，士气越来越低，以致僧格林沁不断受到清廷申斥。太平军方面，也由于久据连镇，粮食匮乏，仅以黑豆充饥，及至年底，粮食几尽。于是，僧格林沁在加紧军事进攻的同时，乘机开展诱降活动，北伐军前后出降者达三千余人。
1855年（
咸丰五年）2月17日，太平军放弃西连镇，集中力量防守东连镇。
林凤祥利用僧格林沁的诱降阴谋，于2月18日派萧凤山（原系清朝县丞）等九十余人诈降清军，以便联络降众为内应，配合守军出击，打破清军的围困。但这项计划被清军识破，诈降的九十余人全部被害。3月7日，清军对东连镇发起总攻，集中炮火轰击木城，北伐军将士拚死抵抗。
林凤祥在督战时身受重伤，士气大受影响。不久，木城被攻破，清军纷纷突入。太平军将士与敌人展开白刃战，大量杀伤清军。最后，太平军大部阵亡，其余或被俘，或从运河潜逃。林凤祥受伤后藏于地道深处，后被清军搜获，解送北京，慷慨就义。
李开芳率领的六百余人（突围途中扩充近千人）占据高唐的当天，胜保即率马队三百名赶到，不久大队清军麕集高唐城外，使这支太平军又陷入重围。
李开芳得知援军溃败，早已退出临清，而高唐城高池深，粮草尚多，遂组织居民在城外立栅筑垒，开掘壕沟，并在城内挖掘地道多处，直通城外，准备依城固守。这时，胜保拥兵万余，先后用云梯、吕公车攻城，均未得逞，便改用临时铸造的重炮轰击。太平军利用壕沟地道作掩护，保存自己，并于黑夜抢修被敌人轰塌的城墙。以后，清军又改取挖地道、埋地雷的办法，也未能破城。太平军凭借坚固的防御工事，利用夜暗袭击敌营，前后三十余次，毙伤不少清军。
高唐久攻不下，胜保先后受到拔去花翎和革职留任的处分。留守连镇的北伐军被歼后，清廷便命
僧格林沁移师进攻高唐，胜保被解京问罪。
僧格林沁于3月11日选精兵八千余名，抵达高唐外围，使围城清军增至二万余人。此时，李开芳得知林凤祥部已覆没，决意突围南返。僧格林沁从俘获的太平军人员中得到李开芳等急欲突围的情报后，便于3月17日夜密令南面清军分开队伍，故作疏防之势，诱使太平军由此突围。李开芳没有识破敌人的诡计，于当日午夜率部突出，向南急走。僧格林沁以马队五百余名衔尾紧追，李开芳部遂入据离高唐约五十里的茌平县冯官屯。
冯官屯有三村相连，外有高墙。太平军占据后，又掘壕立栅，严密防守。18日，僧格林沁率马队赶到，首先占据西边二村，然后在四面安放大炮，向冯官屯轰击，将房屋尽行轰塌。太平军在屯内挖掘纵横交错的壕沟、地道和地窖，待敌人进至鸟枪射程以内时，通过工事射孔开枪射击，清军始终无法攻入屯内。最后，僧格林沁决定采用恶毒的水灌法，强迫大批民工挖一条全长一百二十余里的水渠（历时月余），引运河水至冯官屯。4月20日，开始放水浸灌，屯内平地水深数尺，壕沟地洞被淹，粮草火药尽湿。这时，僧格林沁一面用大炮轰击，一面对太平军展开诱降活动。5月31日，清军围攻益急，太平军粮弹告罄，陷于绝境。李开芳率八十余人突围，被清军俘获（一说降于清军），后解送北京，于6月11日遇害。至此，这支由数万精锐组成的北伐军，经过两年多艰苦卓绝的奋战，终于全军覆没。
